PlateLab 사용법

0사진 준비

PlateLab 을 열기 전에 사진을 폴더별로 나눠 두면 뒤의 단계가 거의 자동으로 됩니다.

• plate 전체를 한 장에 찍습니다. well 을 하나씩 찍을 필요는 없습니다. 같은 사진 안의 well 은 조명·초점이 같아서 비교가 공정합니다.
• 가능하면 카메라 높이를 고정합니다. 사진마다 plate 위치가 비슷하면 크롭 위치를 한 번만 맞추면 됩니다.
• 세포주(또는 조건)마다 폴더를 나눕니다. 폴더 이름이 그대로 Cell line 이 됩니다.

seeding density/          ← 이 폴더를 통째로 고릅니다
├─ H1666/
├─ H2009/   20260702_075800.jpg  20260702_075812.jpg …
├─ HCC15/   20260702_075547.jpg  20260702_075602.jpg …
└─ HCC366/

1사진 불러와서 well 자르기 Crop

사진에서 well 부분만 원형으로 잘라 냅니다. 잘린 well 하나가 이후 모든 단계의 단위입니다.

사진 불러오기

1. 왼쪽 위 폴더 선택을 누르고 seeding density 처럼 세포주 폴더들이 들어 있는 상위 폴더를 고릅니다. 하위 폴더(3단계까지)의 사진을 모두 읽습니다.
2. 또는 탐색기에서 폴더나 사진을 PlateLab 창 아무 곳에 끌어다 놓아도 됩니다.
3. 오른쪽 아래에 6장 불러옴 · 폴더 H2009, HCC15 처럼 읽은 폴더가 표시됩니다.

썸네일 읽는 법 · 필요 없는 사진 빼기

• 전체 plate 를 확인용으로 찍은 사진처럼 필요 없는 사진은 썸네일 오른쪽 위 ×를 누르거나, 그 사진을 보는 중에 Delete 키를 누르면 빠집니다.
• 이미 잘라 낸 사진이면 확인창이 뜨고, 그 사진의 크롭·정량·조건도 함께 빠집니다. 순번은 다시 매기지 않으므로 이름이 바뀌지 않습니다.
• ← → 로 이전·다음 사진으로 넘어갑니다.

Plate 규격 고르기

• 한 사진에서 well 여러 개를 자를 때: 종류에서 6-well 등을 고르면 행 × 열이 자동으로 들어갑니다.
• 한 사진에서 well 하나만 자를 때: 행 × 열을 1 × 1 로 둡니다. 위 예시가 이 경우입니다.
• well 지름 (mm)은 면적을 mm² 로 바꿀 때 씁니다. 6-well 은 34.8 mm 가 기본입니다.

원을 well 에 맞추기

• 원 안쪽을 끌면 원 전체가 움직입니다.
• 원 테두리를 끌면 크기가 바뀝니다. 커서가 화살표 모양으로 바뀌는 곳이 테두리입니다.
• 미세 조정: Ctrl+방향키 1 px, Ctrl+Shift+방향키 10 px.
• 슬라이더로 간격·반지름·회전을 직접 바꿔도 됩니다.

사진마다 위치가 다를 때

세포주마다 따로 찍었거나 plate 위치가 사진마다 다르면 사진마다 따로를 고릅니다. 조정하면 그 사진만 바뀌고, 썸네일 왼쪽 위에 개별 표시가 붙습니다.

• 이 위치를 전체에 = 지금 사진의 위치를 모든 사진에 적용 · 공통 위치로 = 이 사진만 되돌리기.
• 그리드로 안 맞는 사진은 오른쪽 이 이미지에서 검출(원형 well 자동 검출)이나 수동 ROI(클릭으로 원 추가·삭제)를 씁니다. 비스듬히 찍었으면 4점 보정으로 plate 네 모서리를 클릭해 펴 줍니다.

크롭 실행

1. 오른쪽 대상을 전체 이미지로 두고 크롭 실행.
2. 폴더째 불러왔다면 폴더 이름으로 Cell line N개를 채웠습니다가 뜹니다. Plate Map 에 세포주가 이미 들어가 있다는 뜻입니다.
3. 잘린 well 이름은 H2009 · 3 (한 사진에서 여러 well 이면 H2009 · 3 · B2).
4. 크롭만 필요하면 PNG 묶음 저장으로 여기서 끝내도 됩니다.

2보정하기 Enhance

그림(figure)에 쓸 밝기·대비 보정과, 정량 전에 조명 얼룩을 지우는 배경 빼기가 있습니다. 보정 없이 바로 Quantify 로 가도 됩니다.

표현용 보정 (정량에는 안 들어감)

• 슬라이더를 움직이거나 오른쪽 숫자 칸에 값을 직접 넣습니다.
• 슬라이더나 항목 이름을 더블클릭하면 기본값으로 돌아갑니다.
• 키보드: ↑↓ 항목 이동 · ←→ 한 칸 · Ctrl+←→ 열 칸 · Esc 로 빠져나오면 ←→가 다시 well 넘기기.
• 전체 적용을 눌러야 모든 well 에 같은 보정이 걸린 것으로 기록됩니다.

보정본 저장

• 이 well 저장 — 지금 보는 well 을 PNG 로 (1000 × 1000 px).
• 전체 ZIP — 모든 well 보정본 + 사용한 보정값 enhance_settings.json. 파일 이름 앞에 세포주가 붙습니다 (H2009_20260702_075812_A1_enh.png).

자주 쓰는 값 저장

아래 저장된 설정에서 이름을 넣고 현재 값 저장. 시작값으로 지정하면 ★가 붙고, 다음에 PlateLab 을 열 때 자동으로 적용됩니다. 이 브라우저에만 저장되므로 다른 PC 에서는 파일로 저장 / 파일 불러오기를 씁니다.

3colony 면적 재기 Quantify

well 마다 colony 가 차지한 면적(Total Area, %Area)과 개수를 잽니다. 대표 지표는 면적입니다.

권장 설정 (여러 세포주 · seeding density)

기준	뜻
well별	well 마다 자동 threshold. 빈 well·꽉 찬 well 에서는 가를 곳이 없어 틀어집니다. 기존 ImageJ 매크로와 숫자를 맞출 때만.
공통	여러 well 의 밝기 분포를 합쳐 기준 하나를 정해 모두에 씁니다.
고정	직접 넣은 값을 모두에. 여러 plate 를 같은 기준으로 비교할 때.

실행하고 확인하기

1. 왼쪽 맨 아래 정량 실행.
2. 썸네일 화면에서 well 마다 면적을 한눈에 봅니다.
3. well 을 누르면 검수 화면으로 갑니다. Mask A(면적)가 colony 와 겹치는지 눈으로 확인하고, ←→ 로 넘기며 전부 봅니다.

정량 설정도 Enhance 와 같이 저장된 설정에 이름을 붙여 저장·시작값 지정이 됩니다.

4조건 붙이기 Plate Map

well 마다 Cell line · Drug · Conc. · IR(Gy) · Replicate 를 지정합니다. 같은 조건끼리 묶여 평균·SD 가 나옵니다.

1. well 원을 클릭하거나 끌어서 여러 개를 고릅니다.
2. 왼쪽 칸에 넣을 값만 입력합니다. 비워 둔 칸은 기존 값을 유지합니다.
3. 선택에 적용.
4. 정규화 기준군에서 대조군을 고르면 그 군 평균이 100 % 가 되는 Relative colony area 가 계산됩니다.
5. 같은 배치를 반복하면 템플릿 → 저장으로 JSON 을 남겨 다음 실험에 불러옵니다.

5내보내기 Export

단축키

막힐 때

저장하고 이어 하기

• 오른쪽 위 세션 저장 — 크롭 위치, 보정·정량 설정, Plate Map 조건을 JSON 으로 받습니다. 사진은 들어가지 않습니다.
• 이어 할 때는 세션 불러오기 후 같은 사진을 다시 불러옵니다. 사진별 크롭 위치는 파일 이름으로 다시 붙습니다.
• 전체 초기화는 불러온 사진과 결과를 모두 지웁니다. 되돌릴 수 없습니다.